所有的FME特性都知道它们的坐标系，因此，它们在地球上的位置。FME坐标系统包含地球上特定位置和一组坐标之间转换的完整数学模型。坐标系定义由定义此数学模型的一组参数指定，包括地球模型（椭球体或基准面）；用于测量坐标的单位，投影类型，以及任何特定于投影类型的参数。
坐标系可以从输入特征数据源中提取，可能预先定义了FME，或由FME用户定义。根据各种不同的预测，FME具有超过5000个坐标系，椭球体，和基准面。这个坐标系文件 CODISOSS.DB在FME安装文件夹中，包含所有预定义坐标系的名称和说明。有些用户可能希望使用不与FME一起装运的坐标系统，需要创造自己的自定义坐标系.
FME允许指定不同于输入坐标系的输出坐标系，并在必要时执行所需的坐标转换。执行此操作二次投影，FME使用CS-MAP再投影引擎，包括数千个坐标系的定义，有各种各样的投影，基准，椭球体和单位。