所有的FME特征都知道它们的坐标系统，因此也知道它们在地球上的位置。FME坐标系包含了地球上特定位置和一组坐标之间转换的完整数学模型。坐标系统定义由一组参数指定，这些参数定义了这个数学模型，包括地球模型(椭球或基准面)、用于测量坐标的单位、投影类型和特定于投影类型的任何参数。
坐标系统可以从输入的特征数据源中提取，可以由FME预定义，也可以由FME用户定义。FME船舶拥有基于各种不同投影、椭球体和基准的5000多个坐标系统。的坐标系统文件coordsys.db在FME安装文件夹中包含所有预定义坐标系统的名称和描述。一些用户可能希望使用没有与FME一起发货的坐标系统，并且需要创建自己的坐标系统自定义坐标系统．
FME允许指定不同于输入坐标的输出坐标系统，并在必要时执行所需的坐标转换。执行此reprojectionFME使用CS-MAP重投影引擎，包括数千个坐标系统的定义，具有各种各样的投影、基准、椭球和单位。
当FME读取器知道它的坐标系统时，FME创建一个坐标系统来匹配输入数据规范，并用这个系统名称标记读取的每个特征。但是，大多数格式并不显式地存储坐标系统。在这种情况下，映射文件指令用于提供坐标系统信息。
映射文件还可以包含关于输出数据将在哪个坐标系统中的规范。如果指定了输出坐标系，且输出坐标系与输入坐标系不一致，则FME自动转换坐标之间的特征数据。例如，将一个基于北美基准(NAD) 27的坐标系统的特性转换为另一个基于NAD83的坐标系统会导致FME执行所需的基准转换。为了确保重投影是准确的，FME在执行坐标系统更改之前，根据需要自动对圆弧、椭圆、矩形和圆角矩形对象进行矢量化。输出系统(或格式)存储特征的坐标系统(如果它有这样做的设施的话);例如，MapInfo格式存储数据的坐标系统。