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本文将提供如何访问的说明Movebank的REST API使用HTTPCaller。Movebank是一个公共数据库,包含来自世界各地科学研究的动物运动数据。在这个演示中,HTTPCaller将返回来自不列颠哥伦比亚省一项研究的秃鹰运动数据。该工作区将允许用户在运行时从研究中选择10个标记的鸟类之一。HTTPCaller将从Movebank API接收一个响应,其中包含关于所选eagle的空间和时间数据。利用每次GPS读数的时间戳,我们将按季节对点位置进行分类,从而创建一个GeoJSON,显示鹰全年的迁移模式。
Movebank的API需要基本的认证,在FME中可以使用三种不同的方法:
虽然Movebank API提供了返回JSON数据的请求URL,但是我们感兴趣的请求URL只返回CSV。由于我们在每次运行时都要修改请求URL,所以HTTPCaller中的查询字符串参数将用于提高可读性和合并用户参数。因为我们正在对一个需要基本身份验证并返回CSV数据的API进行动态调用,所以Movebank是在HTTPCaller中处理的理想API。
由于Movebank数据是由各自研究的所有者管理的,因此数据访问权限可能会根据所需的数据集而有所不同。虽然有些研究要求用户阅读并接受他们的使用条款,但我们感兴趣的数据只需要用户名和密码。开始,创建一个移动银行账户。您将被指示检查立即发送的包含临时密码的电子邮件。点击需要更改密码的链接。创建新密码后,单击网页顶部的“跟踪数据地图”选项卡。
使用搜索栏,输入“秃鹰”,并放大到加拿大西部。您应该看到温哥华附近一个绿色的点。点击该点,查看信息,并选择“打开在研究页”。
该研究细节轮廓全部由双方Movebank和数据的拥有者所提供的相关信息。注意Movebank ID号是在本研究中访问数据的唯一关键。稍后我们将用它作为我们的请求URL的参数。还要注意的是,尽管有12种动物的研究中,只有10个跟踪标签。这将影响我们以后要创建为用户提供鹰的列表中的用户参数。
Movebank的API文档是在GitHub其中额外的安全性,数据访问和验证信息也详述共享。因为我们正在创建一个工作流程,使用户能够在运行时亚搏在线选择特定的鹰,选择“获取有关在研究动物的信息”,从内容。注意请求的URL,我们将使用获得的唯一鹰ID的列表将采取以下形式:
https://www.movebank.org/movebank/service/direct-read?entity_type=individual&study_id=2911040
从内容上看,选择“获取事件数据对单个动物”。注意请求的URL,我们将使用获得跟踪我们的选择老鹰将表单数据:
https://www.movebank.org/movebank/service/direct-read?entity_type=event&study_id=2911040&individual_id=2911059
从一开始的页面中选择新的工作空间打开一个空白的画布。
所述参数可以被保留为默认值作为该变压器仅用于启动的工作区,而无需输入数据。
你的创造者连接到一个HTTPCaller的输入端口,然后打开参数。我们对Movebank API第一个电话将使用请求的URL,以获取有关在研究动物的信息。使用与HTTP方法如下请求URL设置为GET:
https://www.movebank.org/movebank/service/direct-read?entity_type=individual&study_id=430263960
更改用于响应主体从保存响应体下拉菜单中选择文件保存到。对于输出文件名,选择椭圆选择一个目录,确保您添加名为“.csv”为扩展名的文件到您的输出的名称。
选中该复选框使用身份验证。选择基本的身份验证方法,并输入您的用户名和密码。
点击绿色的运行按钮,当转换成功,请检查您的目录,以确保文件被保存。在文本编辑器或Microsoft Excel查看数据的文件。第五栏会显示我们将进入一个用户参数单个鸟的ID。
在导航窗格中右键单击用户参数,并选择创建用户参数。设置类型的选择。该参数将提供一个下拉鸟ID列表在运行时用户。命名您的用户参数individual_id并设置提示为个体鸟ID:。取消选中可选框,以确保一个ID在每一次运行选择。选择旁边配置的椭圆,然后单击导入按钮。导入向导将打开,提示您进行格式和数据集。设置的格式为CSV,然后从前面步骤的数据集CSV文件。
点击下一步,然后选择属性值的导入模式。
点击下一步,选择一个id为您的选择列表。
点击输入及12个个体鹰ID的列表就会出现。单击确定并配置框会自动与您的数据填充。确保取消可选(这是一个必选项),默认值为保持空白,然后单击确定。
我们会从我们这个请求完成,因为之前重用HTTPCaller。接下来的请求URL将收到来自我们的老鹰研究的个人跟踪数据:
https://www.movebank.org/movebank/service/direct-read?entity_type=event&study_id=430263960&individual_id=
我们将使用查询字符串参数打破了URL的组成部分。输入以下URL请求的URL字段设置方法获取:
https://www.movebank.org/movebank/service/direct-read?
查询字符串参数的名称列三个不同行下输入ENTITY_TYPE,study_id和individual_id。在值列,设置实体类型为事件,并且该研究ID到430263960。对于个人ID,点击当您单击单元格内出现在值列中的箭头。将光标移动到用户参数,然后选择individual_id。
输出文件名更改为您所选择的重命名文件TrackingData.csv目录。
确保您的用户参数,系统会提示你每次点击运行沿顶部的工具栏,然后提示用户参数运行工作区的时间。复选标记应该出现旁边这个文本。运行工作区,系统会提示您选择单个鸟ID。从列表中选择430270991的第一个值,然后单击运行。检查你的目录,以确保响应的尸体被保存,它包含的数据。
有12个ID的选择,但你可能还记得,只有10个跟踪标签。如果您运行的每个ID的工作区,你会看到,编号768161195和768162242不包含任何数据。这将在工作区中导致问题以后,所以我们必须继续之前,删除这些值。
右键单击在导航窗格中的_individual_id用户参数,然后选择编辑定义。点击省略号的配置和选择,并点击减号删除两个ID。单击两次确定退出配置和用户参数窗口。如果你现在试着执行工作区,只有10个可供选择的方案。
您HTTPCaller输出连接到FeatureReader。在参数,设定格式为CSV并使用箭头数据集的权指定_response_file_path属性作为输入。设置坐标系LL84然后展开输出端口选择单个输出端口。
运行与功能启用缓存来查看视觉预览输出工作空间。提示时,您可以选择任何ID。通用端口将有数百至数千的输出功能,但如果你在放大镜点击下一步
动态源数据原因属性被从工作空间隐藏,所以我们必须暴露它们以便使用属性下游。该FeatureReader的通用输出端口连接到一个AttributeExposer。在属性填写利用在上一步的特征信息窗口的五个属性名称揭露(您也可以使用上的导入TrackingData.csv并选择属性名称,而不是价值的,如果你愿意)。
再次运行工作区,你会看到属性现在在视觉预览可见。
要通过季节分类我们的数据,我们必须首先格式的时间戳属性只显示月和日。连接AttributeExposer到DateTimeConverter并打开参数。接下来选择从下拉菜单中的时间戳属性的日期时间属性字段。对于输出格式,输入%米%d。单击确定。
在参数下,将X值作为你的location_long属性和Y值作为location_lat。
该AttributeRangeMapper将根据数值范围创建一个新的属性。选择时间戳作为源属性和设置输出属性的季节。由于分点和夏至,冬至逐年有所不同,我们将在2019日历年去指示每个赛季的开始和结束日期。在范围查找表的第一行中,从列和0319的要列中输入0000。设置输出值的冬季。这表明,从今年(这将是0101)于3月19日的开始,季节是冬季。重复此过程在以下范围:
添加一个作家,并指定格式为以GeoJSON(地理JavaScript对象符号)。写一个名为EagleOutput.json文件到您想要的输出文件夹。确保功能类型定义设置为自动。点击确定,系统将提示您更改功能类型名称 - 输入白头海雕。您AttributeRangeMapper连接到作家。如果你看一下在你的导航窗格中公布的参数,你会发现一个新的出现,其要求用户指定其输出目的地。因为每次运行可能包含不同的数据,用户可以指定不同的文件名,以避免每次运行覆盖他们的数据是很重要的。
系统将提示您选择适合您GeoJSON的鸟和目录,当你点击绿色的运行按钮。填写参数,然后单击运行。一旦转换成功,进入目录,以确保写入文件。
要查看迁徙模式,你将不得不在赛季属性,象征您的数据。有迹象表明,将直接读取GeoJSON的文件许多应用程序(即QGIS,ArcMap中)。在本例中,我们将使用ArcGIS Online(您也可以使用FME Workbench读取GeoJSON,然后将其发送给Inspector transformer,并按季节设置分组)。将您的GeoJSON文件作为托管层上传到ArcGIS Online,并在地图查看器中打开它。当提示选择要显示的属性时,选择Season。输出映射将根据您选择的个人ID而有所不同,但是迁移模式应该保持类似。在春季和夏季,沿BC海岸的白头海雕倾向于向北迁移到海湾群岛,而在秋季和冬季气温下降时它们向南飞。
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