所有FME功能了解自己在地球上的坐标系，因此，它们的位置。一个FME坐标系统包含了地球上的具体位置和坐标集合之间的转换的一个完整的数学模型。坐标系统定义由一组定义该数学模型的参数，包括地球模型（椭球或基准），用于测量的坐标，投影型单元，和任何参数特定于投影型指定。
坐标系统可以从输入的特征数据源中提取，也可以与FME过来预定义的，或者可以通过FME用户定义。FME附带基于各种不同的投影，椭球和基准的5000坐标系。该坐标系文件coordsys.db在FME安装文件夹包含所有的名称和说明预定义的坐标系。有些用户可能希望使用坐标不FME出售的系统，并需要建立自己的自定义坐标系。
FME允许输出坐标，该坐标是不同的，而不是被指定的输入者，并执行所需的必要时转换坐标系统。要执行此重投影，FME使用CS-MAP重投影引擎，其包括用于数千坐标系统，具有种类繁多的突起，基准，椭圆体和单元的定义。