所有FME特征都知道它们的坐标系，因此知道它们在地球上的位置。FME坐标系包含地球上特定位置和一组坐标之间转换的完整数学模型。坐标系定义由定义此数学模型的一组参数指定，包括地球模型（椭球体或基准面）、用于测量坐标的单位、投影类型以及特定于投影类型的任何参数。
坐标系可以从输入特征数据源中提取，可以使用FME预定义，也可以由FME用户定义。FME基于各种不同的投影、椭球体和基准，配备5000多个坐标系。这个坐标系文件coordsys.dbFME安装文件夹中包含所有预定义坐标系的名称和说明。一些用户可能希望使用不随FME提供的坐标系，并且需要创建自己的坐标系自定义坐标系.
FME允许指定不同于输入坐标系的输出坐标系，并在必要时执行所需的坐标转换。要做到这一点二次投影FME使用CS-MAP重投影引擎，该引擎包括数千个坐标系的定义，以及各种投影、基准、椭球和单位。
当FME读取器知道其坐标系时，FME将创建一个坐标系以匹配输入数据规范，并用该系统名称标记读取的每个特征。但是，大多数格式并不显式存储坐标系。在这种情况下，映射文件指令用于提供坐标系信息。
映射文件还可能包含输出数据所在坐标系的规范。如果指定了输出坐标系，且该坐标系与输入坐标系不同，则FME会自动在坐标系之间转换特征数据。例如，将特征从一个基于北美基准（NAD）27的坐标系转换为另一个基于NAD83的坐标系会导致FME执行所需的基准转换。为确保重投影准确，FME在执行坐标系更改之前，会根据需要自动对圆弧、椭圆、矩形和圆角矩形对象进行矢量化。输出系统或格式存储要素的坐标系（如果有这样做的设施）；例如，MapInfo格式存储数据的坐标系。